A szőrzet színét a két fő pigment, az eumelanin (barnától a feketéig terjedő színű pigment) és a feomelanin (világos vagy barnásvörös színű pigment) termelése befolyásolja. A legtöbb emlősben az eumelanin vagy a fémmelanin szintézisét két kulcsfontosságú gén, az MC1R (E lókusz) és az ASIP (A lókusz) szabályozza. A háziasított kutyákban egy harmadik gén, a CBD103 (K lókusz) is fontos szerepet játszik. Számos más gént is azonosítottak a kutyák szőrszínével kapcsolatban, pl. TYRP1 (B lókusz), MLPH (D hígulási lókusz), MFSD12 (I hígulási lókusz) stb.

A szín öröklődésében a szőrzet színében szerepet játszó legfontosabb gének hierarchiáját és kölcsönhatásait ismertetjük. Az MC1R gén episztatikus (felettes) hatással van a többi, a szőrszínért felelős génre, azaz képes blokkolni egy másik lókuszon lévő allél kifejeződését, így a várt tulajdonság egyáltalán nem fejeződik ki:

• Az e/e genotípus jelenléte esetén a feomelanin termelődik, és az egyed színét ez a pigment adja, függetlenül a többi lókusz genotípusától.
• E/e vagy E/E genotípus esetén a K-lokusz és az A-lokusz jelentős szerepet játszik a kialakuló színben.
• sötét szőrszín akkor várható, ha legalább egy KB allél (fekete allél) jelen van, azaz ha/amelyik KB/KB, KB/ky, KB/kbr genotípus jelen van.
• a ky allél (sárga allél), azaz a ky/ ky, ky/ kbr genotípusok vagy a világos és sötét szőrzetért felelős kbr allél (szőrös allél), azaz a kbr/ kbr genotípus jelenlétében az A lókusz határozza meg a kialakuló szőrszínt:
• Az allél jelenlétében (a/a genotípus) az eumelanin (barnától a feketéig terjedő pigment) fejeződik ki,
• A allél jelenlétében (ay/ay, ay/aw, ay/at, ay/a, aw/aw aw/at, aw/a, at/at, at/at, at/a genotípusok) az eredményül kapott színt a pheomelanin (világos vagy barnásvörös pigment) termelődése befolyásolja, vagy a szőrzet szőrös, ha legalább egy kbr allél (szőrös) van jelen.

A kutyák szőrszínét meghatározó, fent leírt allélhierarchia rendszerét az alábbi ábra mutatja:

A domináns allél félkövérrel van kiemelve. Ha az allél domináns, akkor az utódokban való kifejeződéséhez elegendő, ha csak az egyik szülőtől örökölte azt. Rezesszív allél esetén az egyednek mindkét szülőtől örökölnie kell ezeket az allélokat ahhoz, hogy a tulajdonság kifejeződjön.

A Lokusz

A (ay >aw> at)
ay: őz

aw: agouti (farkasszürke)

at: tan (fekete test, vörössel a pofán, a szemöldökön, a mellkason és a lábakon)

a: recesszív fekete

B lokusz
B: fekete

b (bs, bc, bd, baus): barna

Co: normál pigment

co: kakaó

D Lokusz – eumelanin hígítás
D: normál pigment hígítás nélkül

d (d1, d2, d3): hígított pigment, feketéből kékre és barnából izabellára változik.

E Lokusz
E: sötéttől a feketéig

E: a vörösből a sárgába

EM : melanisztikus maszk, az arcra lokalizált sötét pigment, az eumelanin termelődése.

EH : cobolyszín az angol és amerikai cocker spánieleknél.

EG : grizzle szín a szalukiknál és dominó szín az afgán kopóknál.

I Lokusz – hígítási gén
I: normál pigment hígítás nélkül

i: hígítja a feomelanint világos vagy fehér színűre

K Lokusz
KB > kbr > ky
KB: domináns fekete

kbr: brindle (szőrös, eumelanin és feomelanin váltakozva)

ky: sárga – recesszív sárga

M Lokusz
m: merle nélkül

Mc: rejtélyes merle

Md: hígított merle

M: merle

Mh: harlekin

S Lokusz – foltosodás
S: fehér foltok nélkül

sp: Piebald, kiterjedt fehér foltokkal

sw: teljesen fehér szőrzet

si: ír foltok, apró fehér foltok, amelyek gyakran fehér gallért vagy hasat alkotnak.